Es la aplicación que por defecto se descarga desde la página de Mendeley
Consulta en esta misma guía las instrucciones para crear una cuenta
La distribución de la información es similar en Mendeley Reference Manager y en Mendeley Desktop. La pestaña Library consta de una parte a la izquierda para organizar carpetas (collections) y una parte central donde se visualizan las referencias. Al seleccionar una referencia, se abre una tercera columna a la derecha con sus datos.
1. Add new: Para añadir nuevas referencias de forma manual, o ficheros en formato BibTex, Endnote o Ris desde el ordenador.
2. Referencias: todas las referencias (All References), añadidas recientemente (Recently Added), leídas recientemente (Recently read), favoritas (Favorites), mis publicaciones como autor (My Publications) y las eliminadas (Trash).
3. Duplicados: Mendeley Reference Manager permite revisar y eliminar las referencias duplicadas desde la carpeta o colección Duplicates. También detecta duplicados cuando se importan nuevas referencias. Sólo detecta los duplicados que tiene el mismo DOI.
4. Collections: nuestras colecciones (carpetas en Mendeley Desktop). New collections: Para crear una nueva colección o subcolección.
5. Grupos: Vemos los grupos a los que pertenecemos.
6. Desde el menú Tools se instalan Mendeley Web Importer y Mendeley Cite, y se accede a la búsqueda de documentos online, de la base de datos de Mendeley.
7. En la parte central All References, se visualizan todas nuestras referencias que pueden ordenarse de manera ascendente o descendente, por autor, año, título, fuente, fecha en la que se incorpora, si tiene archivo adjunto o no. Los campos (autor, título, etc.) de cada referencia bibliográfica no son modificables (no pueden añadirse o ser eliminados; en Mendeley Desktop sí se puede) y las referencias sólo pueden verse como tabla.
8. Search permite buscar en las referencias, y Filters permite aplicar filtros de búsqueda en las referencias.
9. Notebook es una de las principales novedades de Mendeley Reference Manager. Funciona como un cuaderno de notas en el que se pueden crear múltiples apartados (páginas) y permite organizar en un único lugar todas las notas personales. Es una herramienta de uso personal, no está disponible para los Grupos.
Las notas pueden ser añadidas de forma manual pero la gran novedad es que un fragmento de texto de un PDF guardado puede convertirse en una nota. En este caso, cada nota conserva el enlace al documento fuente y permite navegar desde Notebook hasta el PDF original.
Las formas de añadir referencias con Mendeley Reference Manager son iguales que con Mendeley Desktop y se pueden consultar en esta misma guía. Como diferencia, desde la versión de escritorio Mendeley Reference Manager se puede consultar el catálogo online de Mendeley e incorporar referencias de él (Punto 6 de la imagen anterior).
En esta versión de escritorio los estilos de citación han desaparecido limitándose sólo al complemento de Word Mendeley Cite. Sólo es compatible con Microsoft Word 2016 y posteriores, y con Microsoft Office 365. No lo es con LibreOffice.
Una vez descargado Mendeley Cite (desde la pestaña Tools del escritorio, o desde la zona inferior derecha de Mendeley Web- Downloads Citation Plug-in), su icono aparecerá en la parte superior derecha de nuestros documentos de Word, cuando seleccionemos en el menú Referencias.
Al clicar sobre Mendeley Cite, una vez hayamos iniciado sesión, se abrirá una ventana en la parte derecha de la pantalla. En la misma, aparecerán todas las referencias de nuestra biblioteca Mendeley. Seleccionaremos la referencia que queremos insertar en el texto y marcaremos insertar. En Citation Settings, Change citation style, elegiremos el estilo y el idioma de citación que deseemos utilizar (por defecto se muestra el formato APA y la lengua inglesa).
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Una vez insertada una cita, puede ser editada situando el cursor sobre la misma. En la ventana de Mendeley Cite aparecerá la referencia incluida pudiendo añadir más referencias a la misma, reemplazarla por otra o eliminarla.
Para añadir la bibliografía al final del documento, se seleccionará dentro de la ventana de Mendeley, la opción More - Insert Bibliography.
Para eliminar el código de campo de Mendeley, primero guardaremos el documento, ya que la acción es irreversible y no podremos añadir nueva bibliografía o modificarla. A continuación seleccionaremos todo el texto con las teclas 
. A continuación con el botón derecho del ratón se hace click sobre una cita o la bibliografía y seleccionamos eliminar control del contenido.
Este vídeo elaborado por la Biblioteca de la Universidad de Navarra, nos muestra el proceso.
Mendeley permite trabajar con grupos privados colaborativos. A través de ellos se comparten referencias y sus documentos vinculados, como los PDFs a texto completo de las referencias que se añadan a la biblioteca del grupo, permitiendo trabajar con ellos de forma simultánea entre sus miembros.
Para crear un grupo, seleccionamos el campo New Group de la sección Groups del panel de navegación izquierda, a continuación se muestra un campo de texto en el que introducimos el nombre del grupo y pulsamos Enter en nuestro teclado para confirmar la creación del nuevo grupo.
Para invitar nuevos miembros accedemos al panel de administración del grupo pulsando sobre un grupo existente con el botón derecho del ratón y seleccionando la opción Manage Group. Se mostrará el botón Invite members. Desde el mismo panel se puede eliminar o renombrar el grupo.
